În cartierul Mănăştur, pe o colină ce în perioada medievală domina intrarea în oraş dinspre vest, întâlnim una din cele mai importante instituţii ale Transilvaniei medievale, abaţia benedictină de la Cluj-Mănăştur. Denumirea vechii aşezări monastice era Biserica Abaţiei Benedictine, în prezent fiind cunoscută sub denumirea de Biserica Calvaria. Vechea biserică a abaţiei, care avea hramul Sf. Maria, este considerată cea mai veche biserică din zona municipiului Cluj-Napoca.
Cercetările arheologice făcute în această zonă demonstrează existenţa unei fortificaţii ce datează din secolul al IX-lea. Începând cu secolul al XI-lea dealul a fost fortificat, folosindu-se tehnica specifică acelei perioade, când zidurile erau construite din valuri de pământ şi numeroşi buşteni. În interiorul fortificaţiilor, în aceeaşi perioadă, a fost ridicată abaţia benedictină, ce nu intra în jurisdicţia Episcopiei Romano-Catolice de Alba Iulia, ci se subordona direct Arhiepiscopului de Esztergom. Din păcate, în urma marii invazii tătare din anul 1241, abaţia benedictină a fost distrusă, singurul element ce poate fi considerat din acea epocă fiind leul de pe peretele sud-estic al bisericii de astăzi.
Biserica de astăzi a fost ridicată după anul 1896 şi conţine câteva elemente ale bisericilor din perioadele anterioare: vechea poartă a bisericii, un cadran solar pe care se poate identifica numele abatelui Anton, precum şi monumente funerare datând din secolele XVI-XIX. Din vechile construcţii se mai păstrează corul bisericii, prevăzut cu o navă mai simplă, construită în secolul al XIX-lea pe vechile fundaţii. Biserica este înconjurată de un val înalt de pământ, urmă a fortificaţiilor elipsoidale din evul mediu, când întregul areal dispunea de şanţuri de apărare spre sud, est şi vest, spre nord existând o pantă naturală abruptă.